Địa bàn xã Vân Trình hiện nay trước đây vốn là hai xã Vân Trình và Thị Ngân thuộc huyện Thạch An.

Ngày 9 tháng 9 năm 2019, sáp nhập một số xóm thuộc hai xã Thị Ngân và Vân Trình.[3]

Trước khi sáp nhập, xã Vân Trình có diện tích 22,40 km², dân số là 1.684 người, mật độ dân số đạt 75 người/km², có 6 xóm: Bó Dường, Hồng Sơn, Lũng Mằn, Lũng Xỏm, Nà Ảng, Phạc Sliến. Xã Thị Ngân có diện tích 19,60 km², dân số là 831 người, mật độ dân số đạt 42 người/km², có 3 xóm: Bản Cắn, Bản Nuồng, Nà Tán.

Ngày 10 tháng 1 năm 2020, Ủy ban Thường vụ Quốc hội ban hành Nghị quyết số 864/NQ-UBTVQH14 về việc sắp xếp các đơn vị hành chính cấp huyện, cấp xã thuộc tỉnh Cao Bằng (nghị quyết có hiệu lực từ ngày 1 tháng 2 năm 2020)[2]. Theo đó, sáp nhập toàn bộ diện tích và dân số của xã Thị Ngân vào xã Vân Trình.